云居寺名称最早见於唐总章二年(669年)年石刻上，隋唐时代已具相当规模。在唐代分上寺及下寺上寺在石经山上，寺址已无考，下寺即今遗址。辽、金时代云居寺因刻造石经知名，故有“石经寺”之称。明代因在石经山东麓建东峪寺，而云居寺居山之西，故亦称“西峪寺”清初又改称“西域云居禅林”，仍然保留着云居之名。云居寺历代屡有修葺，最後的修缮年代是清康熙三十七年(l698年）。被毁前的寺院规模宏大，寺院中路有院落五层，殿宇六进。寺依山而建，每层院落逐步升高，各层正殿之旁又有配殿，中路北侧有僧寮客舍，南北二塔分居左右，山门前引泉水流过，清泉垂柳，山雾缭绕，自然环境颇为幽美，确实是一处修行佳处。“七七事变”后寺院被日军炮火毁为一片废墟，南塔也於此时被毁。在云居寺遗址范圉内，北部及四隅的十座小石塔是劫後仅存遗物。所幸摄有云居寺被毁前照片，中日邦交恢复後，日方将当时照片送归。佛教自公元2年伊存授经东传中国后，译着经卷便是众多僧人信徒“经久不息的一项事业。但是纸张、绢绸、木板经卷，不仅易受风、火、水、虫的破坏，也易受人为的损毁，历史上两次“法难期间，大量的手写佛经化为灰烬，战争兵火也给佛教寺院、佛像经籍带来毁灭性灾难。造样就促使僧徒想方设法让佛法传承久远。鉴於山东泰山、河北鼓山等处的摩崖刻经得以保存，幽州僧人静琬认为经刻石上，可以地久天长，於是继承其师慧思遗志，选择了盛产汉白玉、艾叶青石，又远离幽州城的房山，开始了刻经於石、秘藏於室的艰巨工捏。静琬先是创建了石经山藏经洞和云居寺，他发愿造十二部石经。这一行动得到当时社会各方面的支待。从隋大叶中到唐初，静琬30年刻经不辍，每刻完一批石经就凿洞封存起来。贞观十三年(639年)静琬入寂他的第子玄导、僧仪、惠暹、玄法四代相续主持刻经，并得到金信公主奏赐经本四千多部作为底本，先後刻经百馀部，分藏於各藏经洞中。自隋至明，共开凿藏经洞九个藏石经版4559块;辽金时又在寺南侧挖穴，埋藏经版1O611块。辽天庆七年(1117年)在穴旁筑塔，即“云居寺南塔”也称“压经塔”。

静琬最初所刻石经146块，一部分镶嵌于第五洞的四壁上。第五洞名“雷音洞”是九洞之中最大的一个，也是唯一一座开放式藏经洞，洞前有门可以进出，长宽各约十米，中有四根八角形石柱支撑洞顶，石柱各面均雕有小佛像共1O54尊，故称“千佛柱。其馀各洞都是封闭式，里面叠藏石经板，洞门封锢，人不能出人。

房山石经是我国的石经宝库，也是世界的宝贵文化遗产。它对於研究我国古代文化、历史、艺术以及佛教历史和典籍都有重大价值和意义。辽金年代所刻石经，原以《契丹藏》为底本，但《契丹藏》早已失传。近年来从山西应县木塔中发现了《契用藏》残卷，与房山石经对照，完全相同。房山石经完好地保存了《契丹藏》佛经，这在世界佛经史上是件大事。房山石经是原刻石板，没有写经传抄所易产生的那种讹误、版本校勘价值极高。同时，它保存了50种以上的各版大藏经所没有的经籍。镂刻技术精淇，书法秀丽，不仅是有价值的佛教文物，也是中国书法雕刻艺术的精品。所以问世后，即名闻遐迩。在书法艺术方面，隋代刻经已是高手所书，唐代刻经更具有隋唐书法的优美风格。从石经中也可以看到我国书法风格的变迁和文字演变（如：俗写字，异体字，简化字，武周时期新造字等）情况。石经中有许多经文后面附刻有题记，这些题记是研究历代政治，经济，文化以及民风民俗的宝贵资料。从1956年开始中国佛教协会和有关部门一起，对房山石经进行了全面的调查、发掘和整理工作，目前已将部分石经进行编号，上架展览。

云居寺有五大院落六进殿宇，东接上方山，西俯拒马河，占地7万多平方米，两侧有配殿和帝王行宫、僧房，并有南北两塔对峙，历史悠久，饱经沧桑。解放后，云居寺经过两次大规模修复重现庄严。云居寺古时亦有碑海塔林之称，现存碑20余块、塔10余座，是其宝贵的文化遗产。

石经山在云居寺东二里处，俗称小西天。海拔450米。这里不仅是房山石经刊刻起源之处，也是佛祖舍利出土之处，4196块隋唐石经为国之重宝，以雷音洞、金仙公主塔为代表的众多历史遗迹，具有极高的价值。