区块链也并不是完美毫无缺点的，区块链也存在着例如 51%攻击的安全隐患、工作效率问题、资源消耗问题、区块链间博奕和矛盾等缺陷待解决。

因为区块链的管控借助互联网中所有的节点共同完成，因而理论上说，如果掌握全网超出 51%的算力就有能力成功篡改和仿冒区块链数据。

因为选用的分布式存储，区块链内的每一节点均需储存一份数据库，而且互联网中产生的一切一笔买卖其他节点均需开展验证并做纪录，系统软件的工作效率较低，特别是在一些数据交换产生频繁的情形下区块链的应用特性会受到限制。因而如果想规模性营销推广并应用区块链技术，怎样解决系统软件工作效率也将变成一个问题。

因为去中心化容易引进资源的浪费，区块链的运行比较依靠网络节点奉献的算力，这种算力适用于解决 SHA256 哈希和自然数检索，此外并不是造成实际上社会价值，因此一般实际意义上觉得这种算力资源是被‚浪费‛没了，另外被浪费掉的也有很多的电力工程资源。因而怎样解决区块链运行而产生的资源占有和浪费也将变成区块链大范畴应用以前必须解决的问题。

比如BTC中典型性的‚区块链截流攻击，这是由矿池的参加者进行的攻击，对矿池和其他参加者的挖币盈利导致危害。进行区块链截流攻击的矿工只向矿池发送到一部分劳动量证明材料，可是如果她们发觉了详细的证明材料，她们将抛下该证明材料。因而矿池还会向攻击者派发挖币盈利，可是矿池不可以从攻击者的挖币算力中获益。这降低了被黑客攻击矿池的所有参加者的盈利，或许也降低了攻击者自身的盈利，攻击者们公平公正挖币会得到大量的盈利。因而怎样设计方案激励相容的的共识体制，提升系统软件内非法活动的成本费，从而防止区块链的各节点在互动全过程中产生博奕与矛盾，都是区块链尚需解决的缺陷之一。