A．灰尘在空中飞扬，那是物质的机械运动，不是分子在运动，分子运动是肉眼看不见的．故A错误；

B．在探索微小粒子的历程中人们首先发现了电子．故B错误；

C．宇宙是由物质组成的，宇宙中有很多的星系，星系中又有很多星体，宇宙是一个有层次的天体结构系，并且处于不断的演化过程中．故C正确；

D．分子是由原子组成的，原子时由原子核和核外电子组成的，所以分子大于原子核；原子核是由质子和中子组成的，所以原子核大于质子；而夸克则是更小的构成微粒，它们的大小关系为：分子$ > $原子$ > $中子$ > $质子$ > $夸克$ > $电子，故D错误．

故选C．